Es la representación geográfica de la fragilidad de los ecosistemas del territorio continental. De manera que, su análisis puede proveer insumos importantes para identificar y priorizar los sitios de mayor importancia de conservación, definir mecanismos de monitoreo y para el cumplimiento de los objetivos nacionales relacionados a la gestión adecuada de los recursos naturales.
El mapa de fragilidad es utilizado, en la zonificación de áreas protegidas, áreas bajo conservación Socio Bosque, análisis de vacíos de conservación, análisis de zonas de altos valores de conservación para los planes de ordenamiento territorial y planes nacionales de desarrollo, análisis de áreas prioritarias para la entrega de incentivos para la conservación y restauración ambiental, análisis de zonas prioritarias de conservación de ecosistemas y fuentes de agua y zonas de no afectación por actividades mineras y petroleras.